
Le message évangélique est annoncé à tous dans le respect de la liberté de conscience. L'instruction religieuse est assurée par les éducateurs, dans les horaires normaux de la journée scolaire, à tous les niveaux d'âge. Elle n'a jamais de caractère facultatif. La prière, la vie liturgique, la vie sacramentelle, sources de Foi et de Grâces, sont organisées dans l'école pour les éducateurs et pour les élèves et présentées comme essentielles à la vie chrétienne. Chacun est invité à y participer librement.
Au sein de l'école, les élèves peuvent se préparer à recevoir les sacrements de l'eucharistie (habituellement en primaire, parfois plus tard) et de la confirmation (à partir de la troisième). Quelques d'élèves, de plus en plus nombreux, demandent également à recevoir le Baptême. Une préparation catéchétique est alors mise en place pour ces élèves de manière personnalisée. Il est également possible de se préparer à la profession de foi en cinquième.
Nous sommes aidés dans cette tâche par des prêtres et en particulier l'abbé Charles Sawadogo, curé de la paroisse de Lectoure et l'abbé Bernard Calesse, son vicaire. En outre un partenariat est mis en place entre l'Ecole et le couvent des dominicains de Toulouse, qui envoie plusieurs fois dans l'année un petit groupe de jeunes frères étudiants pour assurer prêches et veillées d'adoration, au collège de Lectoure, à celui de Fleurance et au lycée Saint Jean. Nous entretenons aussi des liens forts et réguliers avec plusieurs communautés :
La messe est célébrée au Carmel de Lectoure tous les mercredis à 7h30, chaque vendredi de Carême à 12h30 à l'église du St Esprit et plusieurs fois par an avec tous les élèves de l’ensemble scolaire à la cathédrale, pour Noël, le Carême, la Saint Joseph (19 mars) et la fin d’année.
Un temps de prière (les Vêpres de la Liturgie des Heures) est proposé aux lycéens le lundi et le jeudi à 17h50. Offices à 7h15 pour le Triduum Pascal et nous distribuons gracieusement des livrets Magnificat pour la semaine Sainte.
Des temps de ressourcement sont enfin proposés à différents niveaux : pèlerinage dominicain du Rosaire au service des malades à Lourdes en octobre et récollection à Boulaur avec notre aumônier pour les terminales, journée découverte de la vie monastique pour les premières, retraite de préparation à la confirmation pour secondes et troisièmes, à la profession de foi pour les cinquièmes, pèlerinage à Lourdes pour la Saint Joseph pour tous les élèves tous les trois ans.

Un projet solidarité commun pour tous les élèves et personnels de notre ensemble scolaire est proposé afin d’œuvrer ensemble au bien commun et au besoins des plus démunis : Haïtimoun en 2018, Arménie en 2019, Burkina Faso en 2020.
L’Ecole Saint Joseph favorise la participation de ses élèves à des mouvements de jeunes ou à des groupements de spiritualité. Elle a ainsi le souci de travailler avec les paroisses et les services diocésains. Cependant, l'école est ouverte à tous ceux qui reconnaissent et admettent son caractère propre d'école catholique. Ceux qui n'ont pas la foi ou qui y sont peu éveillés peuvent très bien être inscrits : leur liberté de conscience sera respectée.

L'instruction religieuse (à distinguer de la catéchèse) fait partie du temps d'enseignement normal des élèves, de la 6ème à la 1ère. Il est dispensé par des enseignants volontaires, une heure par semaine. Il n'y a pas de programme prédéfini : liberté est laissée aux enseignants d'aborder les thèmes de leur choix, de la manière de leur choix. Les enseignants impliqués dans l'instruction religieuse se réunissent régulièrement afin de s'harmoniser. On remarquera une certaine diversité, qui assure à l'élève, passant plusieurs années dans notre Ecole, une formation riche sur le sujet.
Groupe de M. Richard: le motif du passage dans la Bible: parcours à travers l'art pictural à sujet religieux.
Groupe de M. Désangles: cours sur les 7 vertus (Foi, Espérance, Charité / Force, Tempérance, Humilité, Prudence).